吉林大学图书馆前身为东北行政学院图书馆，于1946年在哈尔滨成立。1952年，它更名为东北人民大学图书馆。1958年更名为吉林大学图书馆。2000年，原吉林大学、吉林理工大学、白求恩医科大学、长春科技大学和长春邮电学院合并为新吉林大学，五所原大学的图书馆合并。吉林大学合并后的图书馆有一个中央图书馆、一个工程图书馆、一个医学图书馆、一个地球科学图书馆和一个信息学图书馆。2004年，中国人民解放军军需大学并入吉林大学，其图书馆更名为吉林大学农业部图书馆。